處罰一級醫療事故的方式為：對醫療機構處以責令限期停業整頓直至由原發證部門吊銷執業許可證，對直接責任人員依照刑法關于醫療事故罪的規定，依法追究刑事責任。未達到量刑標準的，依法給予行政處分或者紀律處分。除依照前述處罰外，還可以由衛生行政部門責令暫停6個月以上1年以下執業活動，情節嚴重的，吊銷其執業證書。

《中華人民共和國民法典》第五十五條醫療機構發生醫療事故的，由衛生行政部門根據醫療事故等級和情節，給予警告；情節嚴重的，責令限期停業整頓直至由原發證部門吊銷執業許可證，對負有責任的醫務人員依照刑法關于醫療事故罪的規定，依法追究刑事責任；尚不夠刑事處罰的，依法給予行政處分或者紀律處分。對發生醫療事故的有關醫務人員，除依照前款處罰外，衛生行政部門并可以責令暫停6個月以上1年以下執業活動；情節嚴重的，吊銷其執業證書。